En 1767, la Pragmática Sanción dictada por el rey español Carlos III decretó la expulsión de los jesuitas de los dominios del imperio. Esta nueva situación, obligaba a los religiosos a abandonar las tierras americanas. Su lugar sería ocupado por la orden franciscana quienes, con Fray Junípero a la cabeza, decidieron aventurarse a evangelizar las aún inexploradas tierras de la Alta California. Fue así como se inició una serie de 21 misiones, financiadas en partes por el imperio, que mezclarían religión y estado.
Estas misiones, cuyo objetivo principal era cristianizar a los nativos a través de la educación, alimentación y protección, pretendían servir también como avanzadilla de los españoles. De esta forma, el imperio abandonaba las armas para seguir abarcando territorio pacíficamente.
Durante estas incursiones se fundaron asentamientos que más tarde se convertirían en algunas de las principales ciudades del mundo actual. Así nació el pueblo de Nuestra Señora la Reina de los Ángeles del Río de Porciúncula, actualmente conocido como Los Ángeles. La Misión de San Francisco de Asís fundó otra de las ciudades más famosas hoy día, San Francisco. Además de estos dos lugares tan emblemáticos, otras metrópolis de gran importancia deben su nombre a tal hazaña. Urbes tales como San Diego, Santa Bárbara, Santa Clara y San José fueron levantadas también por los franciscanos. Una gran labor de los religiosos españoles que aún hoy es desconocida por mucha gente.